Ya os conté hace tiempo cómo hacer esto mismo en Ubuntu y ahora le toca el turno a Debian.

Por si alguien no lo sabe, COMPOSITE es una extensión de Xorg que permite añadir sombras en los bordes de las ventanas, mientras que RENDER permite aplicar transparencias a una ventana directamente desde el servidor X

Aprovchando que NVidia ha publicado una nueva version de sus drivers (no debería daros problemas si no tenéis una nvidia), me he puesto a configurar esto mismo en Debian Sid, pero con tan mala suerte de que xcompmgr y transset no estaban disponibles en los repositorios oficiales de Debian.

Para ello y, tras buscar un poco, hay que añadir un repositorio no oficial y, una vez instalado transset, añadirlo al Autostart de KDE (o del gestor de ventanas que uséis). Los pasos exactos son los siguientes:

• Instalar COMPOSITE y RENDER si no los tenemos instalados ya:
  
apt-get install libxrender1 libxcomposite1

• Modificar /etc/X11/xorg.conf y asegurarse de que, al final tiene las siguientes líneas:
  
Section "Extensions"
Option "Composite" "Enable"
Option "RENDER" "Enable"
EndSection

• Reiniciar el servidor X (Ctrl + Alt + Backspace es suficiente). si hay algún problema que impida ejecutar RENDER o COMPOSITE el log de Xorg nos lo mostrará.
• Añadir los siguientes repositorios al /etc/apt/sources.list:
  
# Muchos paquetes no oficiales. En particular xcompmgr y transset
deb http://debian.linux-systeme.com sid main
deb-src http://debian.linux-systeme.com sid main

• Añadir la clave pública del empaquetador a apt:
  
cd /tmp/ && wget http://debian.linux-systeme.com/public-key.txt
su -
apt-key add public-key.txt

• Instalar xcompmgr y transset:
  
apt-get install xcompmgr transset

• Crear un pequeño shell script que arranque xcompmgr al arranque:
  
#! /bin/bash
xcompmgr -c

• Si usáis KDE, colocar ese script en ~/.kde/Autostart. Si usáis Gnome añadidlo en los programas a ejecutar al inicio y si usáis otro WM, probablemente ya sepáis cómo ejecutar un programa al inicio

A mí no me gustan las ventanas transparentes, así que no uso RENDER pero, si alguien quiere probarlo, que abra una consola y escriba transset 0.5 y haga click en la ventana que desea que sea transparente. Ese comando le dará una transparencia del 50% a la ventana.